Odbor hygieny práce sleduje, usměrňuje a kontroluje plnění povinností stanovených zákonem č. 258/2000 Sb. a dalšími právními předpisy v ochraně zdraví při práci před riziky plynoucími z fyzikálních, chemických a biologických faktorů pracovních podmínek, z nepříznivých mikroklimatických podmínek a z fyzické a duševní zátěže a nad souvisejícími pracovními podmínkami včetně vybavení pracovišť. Dále zajišťuje hodnocení a řízení zdravotních rizik.

Plní zejména tyto úkoly:

• rozhoduje o zařazení prací do příslušných kategorií,
• plní povinnosti dotčeného orgánu v řízeních vedených podle zvláštních právních předpisů,
• stanovuje zaměstnavateli nebo fyzické osobě provádějící činnost nebo poskytující služby mimo pracovněprávní vztahy způsob a minimální četnost sledování zátěže organismu faktory pracovních podmínek, stanovuje zaměstnavateli následné lékařské prohlídky,
• nařizuje zaměstnavateli nebo fyzické osobě provádějící činnost nebo poskytující služby mimo pracovněprávní vztahy mimořádné lékařské preventivní prohlídky a jejich náplň a upravuje rozsah a termíny sledování rizikových faktorů;
• stanovuje hygienický limit faktoru pracovních podmínek, neupraveného právním předpisem, a metodu jeho stanovení v pracovních podmínkách, ověřuje podmínky vzniku onemocnění pro účely posuzování nemoci z povolání,
• kontroluje povinnosti zaměstnavatelů zajistit pracovnělékařské služby,
• podílí se na monitorování vztahů zdravotního stavu obyvatelstva a pracovních podmínek, na kontrole a řízení místních programů ochrany a podpory veřejného zdraví,
• vykonává dozor nad pracemi na povrchových pracovištích i pracovištích v podzemí,
• vykonává dozor nad pracemi spojenými s expozicí neionizujícímu záření a laserům a pracemi spojenými s expozicí chemickým karcinogenům v pracovním prostředí,
• provádí kontroly ochrany zdraví při nakládání s nebezpečnými chemickými látkami a přípravky podle předpisů Evropské unie, dle zákona č. 350/2011 Sb., o chemických látkách a chemických směsích a o změně některých zákonů (chemický zákon), ve znění pozdějších předpisů, a dle zákona č. 224/2015 Sb., o prevenci závažných havárií způsobených vybranými nebezpečnými chemickými látkami nebo chemickými směsmi a o změně zákona č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů, (zákon o prevenci závažných havárií), ve znění pozdějších předpisů,
• dozírá, jak jsou právnickými osobami nebo podnikajícími fyzickými osobami dodržována ustanovení zákona č. 120/2002 Sb., o podmínkách uvádění biocidních přípravků a účinných látek na trh a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů, přímo použitelných předpisů Evropské unie o biocidních přípravcích a účinných látkách, rozhodnutí Ministerstva zdravotnictví vydaná na jejich základě spočívající v zákazu uvádění biocidního přípravku nebo účinné látky na trh, zákaz používání biocidního přípravku nebo provedení opatření k nápravě spočívající ve stažení biocidního přípravku nebo účinné látky z trhu nebo distribuce nebo v jejich zneškodnění,
• posuzuje a vypracovává podklady k vydání rozhodnutí, povolení, osvědčení a jiných opatření orgánu ochrany veřejného zdraví nebo je v  rozsahu stanovených kompetencí vydává,
• rozhoduje o přestupcích,
• řeší podněty obyvatel, orgánů státní správy a samosprávy v oblasti hygieny práce,
• spolupracuje se správními orgány a orgány samosprávy při tvorbě zdravotní politiky regionu, provádí hodnocení zdravotních rizik,
• spolupracuje s ostatními odbory a odděleními KHS, poskytuje konzultace a stanoviska ze svého oboru.