Odbor protiepidemický sleduje, usměrňuje a kontroluje plnění povinností stanovených zákonem č. 258/2000 Sb. a dalšími právními předpisy v oblasti ochrany veřejného zdraví.

V rámci epidemiologické surveillance sleduje výskyt a povahu nákaz, příčiny a podmínky jejich vzniku a šíření v lidské populaci (včetně nákaz přenosných ze zvířat na člověka) a uplatňuje metody jejich prevence, potlačování a eliminace, resp. eradikace. Výsledky získaných poznatků po analýze přenáší do praxe v odborně zdůvodněných epidemiologických opatřeních, a to jak preventivního, tak i represivního charakteru.

Plní zejména tyto úkoly:

• průběžně plánuje, organizuje, řídí a provádí surveillance nákaz a realizuje opatření proti jejich vzniku a šíření,
• provádí epidemiologické šetření v ohniscích nákazy a nařizuje provedení příslušných protiepidemických opatření, včetně nozokomiálních nákaz,
• řídí a provádí opatření proti zavlečení a rozšíření nemocí podléhajících řádu WHO,
• nařizuje mimořádná opatření při epidemii či nebezpečí jejího vzniku, pokud to situace vyžaduje, spolupracuje při řešení mimořádných situací s orgány zapojenými do systému krizového řízení a integrovaného záchranného systému,
• kontroluje dodržování povinností zdravotnickými zařízeními a zařízeními sociálních služeb na úseku boje proti nozokomiálním nákazám a v případě zjištěných nedostatků přijímá příslušná opatření,
• řídí a kontroluje úroveň činnosti na úseku desinfekce, dezinsekce a deratizace, podílí se na ověřování odborné způsobilosti osob tyto činnosti provádějících a přijímá příslušná opatření v případech zjištěných nedostatků,
• posuzuje a vypracovává podklady k vydání rozhodnutí, povolení, osvědčení a jiných opatření orgánu ochrany veřejného zdraví nebo je v  rozsahu stanovených kompetencí vydává,
• ověřuje podmínky vzniku onemocnění pro účely posuzování nemoci z povolání v případech infekčního onemocnění,
• usměrňuje činnost poskytovatelů zdravotních služeb a vybraných zařízení sociálních služeb v oblasti hygieny provozu a předcházení infekcím spojeným se zdravotní péčí a kontroluje ji,
• rozhoduje o přestupcích,
• plní povinnosti dotčeného orgánu v řízeních vedených podle zvláštních právních předpisů,
• řeší podněty obyvatel, orgánů státní správy a samosprávy v oblasti epidemiologie a DDD,
• spolupracuje se správními orgány a orgány samosprávy při tvorbě zdravotní politiky regionu, provádí hodnocení zdravotních rizik,
• sbírá data v rámci drogové epidemiologie,
• spolupracuje s ostatními odbory a odděleními KHS, poskytuje konzultace a stanoviska ze svého oboru.